Sylvain Pulicani

Sylvain Pulicani

Bioinformaticien

À propos de moi

Biologiste de formation, j’ai fait une thèse sur la modélisation des réarrangements chromosomiques à l’aide de la structure de la chromatine. Cela m’a permis d’en apprendre beaucoup sur l’informatique et la modélisation.

Désormais, ma motivation est d’appliquer ces connaissances à des problématiques biologiques.

Intérêts

  • Analyse de données
  • Évolution et phylogénie
  • Apprendre toujours plus !

Formation

  • Thèse de doctorat en bioinformatique, 2018

    Université de Montpellier

  • Master de Génomique, 2015

    Aix-Marseille Université

  • Licence de Biologie Cellulaire, 2013

    Aix-Marseille Université

Compétences

Statistiques

  • Validation de résultats expérimentaux contre des modèles.
  • Utilisation combinée des régressions et des représentations graphiques pour extraire des relations.
  • Utilisation de la méthode du bootstrap.
  • Modélisation d’expériences biologiques.

Bioinformatique

  • Analyse de données NGS, y compris la mise en place de pipelines.
  • Utilisation de multiples bases de données biologiques et de genome browsers.
  • Mise en place de bases de données biologiques spécifiques.
  • Analyse de séquences, incluant les alignements multiples et les recherches de motifs.
  • Inférence d’histoires phylogénétiques.
  • Bonnes connaissances en réseaux biologiques.

Programmation

  • Utilisation des algorithmes et structures de données classiques.
  • Utilisation quotidienne de Python pour les tâches scientifiques, à l’aide de numpy, scipy et matplotlib.
  • Utilisation quotidienne de Bash pour l’automatisation, à l’aide des hashtables et de GNU parallel.
  • Bonnes connaissances en Perl, Java, C, Rust et R.

Informatique

  • Utilisation quotidienne de Linux, aussi bien pour le bureau ( Ubuntu et Manjaro) que pour le serveur ( CentOS et Debian).
  • Utilisation de clusters de calculs (type SGE).
  • Bonnes connaissances des systèmes de base de données, à la fois relationnelles ( SQLite et MySQL) et NoSQL (de type graphe avec Neo4J ou dgraph, et de type document avec CouchDB).

Communication

  • Écriture et présentation scientifique
  • Vulgarisation
  • Enseignement

Expériences

 
 
 
 
 

Bioinformaticien

Cellectis

Apr 2021 – Actuellement Paris, FRANCE
Analyse de données biologiques produites en interne - Intégration de données publiques - Design de pipelines d’analyse - Veille bibliographique.
 
 
 
 
 

Ingénieur informatique

IT-med

Oct 2020 – Mar 2021 Marseille, FRANCE
Mise en place d’un ERP (installation, configuration et développements additionnels).
 
 
 
 
 

Ingénieur informatique

IT-med

Mar 2020 – May 2020 Marseille, FRANCE
Mise en place d’un environnement de supervision d’infrastructure informatique pour un client.
 
 
 
 
 

Ingénieur informatique

IT-med

Aug 2019 – Nov 2019 Marseille, FRANCE
Mise en place d’un environnement de supervision d’infrastructure informatique pour un client.
 
 
 
 
 

Ingénieur informatique

IT-med

Apr 2019 – Jun 2019 Marseille, FRANCE
Développement d’un outil de supervision en temps réel pour la surveillance d’une infrastructure de stockage (E/S, latence, etc.).
 
 
 
 
 

Ingénieur de recherche

LIRMM UMR 5506 and IGH UMR 9002

Oct 2015 – Nov 2018 Montpellier, FRANCE
Mise en relation des réarrangements chromosomaux et de la structure de la chromatine chez la drosophile.
 
 
 
 
 

Ingénieur d’étude

Inmed – INSERM U901

Jan 2015 – Jul 2015 Marseille, FRANCE
Étude des liens entre les gènes Necdin et MageL2.
 
 
 
 
 

Ingénieur d’étude

Inmed – INSERM U901

Mar 2014 – Jun 2014 Marseille, FRANCE
Étude des motifs conservés de la partie N-terminale de la protéine MAGEL2.

Enseignements

Programmation pour la bioinformatique

Niveau Master 1 – Introduction à la programmation en Python et application au calculs scientifiques.

Introduction à la culture scientifique

Niveau Lycée – Dans le cadre du programme MathC2+, j’ai monté un atelier de bioinformatique pour faire découvrir la méthode scientifique et l’évolution à des lycéens.

Introduction à l’algorithmique

Niveau Licence 1 – Introduction à l’algorithmique et à la programmation.

Projets

Fastax

Création d’arbres phylogénétiques et de lignées à l’aide de la base de données de taxonomie du NCBI

PhyloHiC

Création de phylogénies en utilisant les informations sur la structure de la chromatine extraites des expériences de Hi-C

Présentations

Linking Large Scale Chromosomal Rearrangements with Chromatin Structure in Drosophila

J’ai présenté mes travaux de thèse à la journée scientifique annuelle de mon école doctorale.

Comprendre l'ADN

J’ai utilisé la recherche sur l’ADN pour présenter à des lycéens les effets que la science peut avoir sur la vie courante.

Linking Large Scale Chromosomal Rearrangements with Chromatin Structure in Drosophila

J’ai présenté mes travaux de thèse à la journée scientifique annuelle d’EpiGenMed.

Rearrangement Scenarios Guided by Chromatin Structure

J’ai présenté les travaux que nous avons publiés à cette conférence.

L'évolution : un phénomene, plusieurs théories

J’ai présenté le raisonnement scientifique à des lycéens en utilisant l’étude de l’évolution comme exemple.

Publications

Accounting for Ambiguity in Ancestral Sequence Reconstruction

Motivation
La reconstruction des séquences génétiques ancestrales à partir de l’analyse des données contemporaines est un outil …

Lien entre les réarrangements chromosomiques et la structure de la chromatine chez la Drosophile

Entre espèces, les génomes présentent des différences dans leur organisation, que ce soit au niveau du caryotype ou de l’ordre …

Rearrangement Scenarios Guided by Chromatin Structure

L’architecture du génome peut être radicalement modifiée par une succession de réarrangements chromosomiques de grande ampleur. …